Identification de biomarqueurs protéiques prédictifs et diagnostiques des maladies coronariennes pour une population de souche canadienne-française

Les biomarqueurs plasmatiques constituent des outils essentiels, mais rares, utilisés pour diagnostiquer les maladies, comme les maladies cardiovasculaires (MCV), et stratifier le niveau de risque associé. L’identification de nouveaux biomarqueurs plasmatiques susceptibles d’améliorer le dépistage et le suivi des MCV représente ainsi un enjeu majeur en termes d’économie et de santé publique. Le projet vise à identifier de nouveaux biomarqueurs plasmatiques prédictifs ou diagnostiques des MCV, à déterminer le profil protéomique plasmatique de patients atteints de MCV et à développer des méthodes innovantes d’analyse d’échantillon plasmatique. L’étude a été effectuée sur une large banque de plasma provenant de 1006 individus de souche Canadienne-Française recrutés à différents stades de la MCV et qui ont été suivis sur une période de 5 ans. Des séries de déplétions ont été réalisées afin de dépléter les 14 protéines majoritaires (colonne IgY14TM) de l’échantillon avant son analyse par trois approches effectuées en parallèle: 1) Une chromatographie liquide (LC) en 2 dimensions qui fractionne les protéines selon le point isoélectrique puis selon le degré d’hydrophobicité, via le système PF2D, suivie par une chromatographie liquide couplée avec une spectrométrie de masse en tandem (LC-MS/MS). 2) Une séparation classique sur gel 1D-SDS-PAGE suivie d’une LC-MS/MS; 3) Par une déplétion plus poussée du plasma avec l’utilisation en tandem avec la colonne IgY14TM d’une colonne SupermixTM permettant de dépléter également les protéines de moyenne abondance, suivie d’une séparation sur gel 1D-SDS-PAGE et d’une analyse LC-MS/MS de la portion déplétée (3a) et de la portion liée à la SupermixTM (3b). Les résultats montrent que le système PF2D permet d’identifier plusieurs profils protéiques spécifiques au groupe MCV. Sur un total de 1156 fractions (équivalent à 1172 pics protéiques pour le groupe contrôle et 926 pics pour le groupe MCV) recueillies, 15 fractions (23 pics protéiques) présentaient des différences quantitativement significatives (p<0,05) entre les 2 groupes. De plus, 6 fractions (9 pics) sont uniquement présentes dans un groupe, représentant d’autres signatures protéomiques et biomarqueurs potentiellement intéressants. Les méthodes 2, 3a et 3b ont permis l’identification de 108, 125 et 91 protéines respectivement avec des chevauchements partiels (31% entre la méthode 2 et 3a, 61% entre 2 et 3b et 19% entre 3a et 3b). Les méthodes 2 et 3 ont permis l’identification de 12 protéines qui présentaient des différences quantitatives significatives entre les 2 groupes. L’utilisation de plusieurs approches protéomiques complémentaires nous ont d’ores et déjà permis d’identifier des candidats biomarqueurs des angines instables avec récidive d’infarctus du myocarde (IM).

Le rôle de l’évaluation économique dans la pratique des médecins de famille = The role of economic evaluation in the practice of family physicians

L’évaluation économique en santé consiste en l’analyse comparative d’alternatives de services en regard à la fois de leurs coûts et de leurs conséquences. Elle est un outil d’aide à la décision. La grande majorité des décisions concernant l’allocation des ressources sont prises en clinique; particulièrement au niveau des soins primaires. Puisque chaque décision est associée à un coût d’opportunité, la non-prise en compte des considérations économiques dans les pratiques des médecins de famille peut avoir un impact important sur l’efficience du système de santé. Il existe peu de connaissances quant à l’influence des évaluations économiques sur la pratique clinique. L’objet de la thèse est de comprendre le rôle de l’évaluation économique dans la pratique des médecins de famille. Ses contributions font l’objet de quatre articles originaux (philosophique, théorique, méthodologique et empirique). L’article philosophique suggère l’importance des questions de complexité et de réflexivité en évaluation économique. La complexité est la perspective philosophique, (approche générale épistémologique) qui sous-tend la thèse. Cette vision du monde met l’attention sur l’explication et la compréhension et sur les relations et les interactions (causalité interactive). Cet accent sur le contexte et le processus de production des données souligne l’importance de la réflexivité dans le processus de recherche. L’article théorique développe une conception nouvelle et différente du problème de recherche. L’originalité de la thèse réside également dans son approche qui s’appuie sur la perspective de la théorie sociologique de Pierre Bourdieu; une approche théorique cohérente avec la complexité. Opposé aux modèles individualistes de l’action rationnelle, Bourdieu préconise une approche sociologique qui s’inscrit dans la recherche d’une compréhension plus complète et plus complexe des phénomènes sociaux en mettant en lumière les influences souvent implicites qui viennent chaque jour exercer des pressions sur les individus et leurs pratiques. L’article méthodologique présente le protocole d’une étude qualitative de cas multiples avec niveaux d’analyse imbriqués : les médecins de famille (niveau micro-individuel) et le champ de la médecine familiale (niveau macro-structurel). Huit études de cas furent réalisées avec le médecin de famille comme unité principale d’analyse. Pour le niveau micro, la collecte des informations fut réalisée à l’aide d’entrevues de type histoire de vie, de documents et d’observation. Pour le niveau macro, la collecte des informations fut réalisée à l’aide de documents, et d’entrevues de type semi-structuré auprès de huit informateurs clés, de neuf organisations médicales. L’induction analytique fut utilisée. L’article empirique présente l’ensemble des résultats empiriques de la thèse. Les résultats montrent une intégration croissante de concepts en économie dans le discours officiel des organisations de médecine familiale. Cependant, au niveau de la pratique, l'économisation de ce discours ne semble pas être une représentation fidèle de la réalité puisque la très grande majorité des participants n'incarnent pas ce discours. Les contributions incluent une compréhension approfondie des processus sociaux qui influencent les schèmes de perception, de pensée, d’appréciation et d’action des médecins de famille quant au rôle de l’évaluation économique dans la pratique clinique et la volonté des médecins de famille à contribuer à une allocation efficiente, équitable et légitime des ressources.

Statistiques appliquées en chirurgie cardiaque adulte : analyses de survie et applications du “propensity score”

L'objectif principal de ce travail est d’étudier en profondeur certaines techniques biostatistiques avancées en recherche évaluative en chirurgie cardiaque adulte. Les études ont été conçues pour intégrer les concepts d'analyse de survie, analyse de régression avec “propensity score”, et analyse de coûts. Le premier manuscrit évalue la survie après la réparation chirurgicale de la dissection aigüe de l’aorte ascendante. Les analyses statistiques utilisées comprennent : analyses de survie avec régression paramétrique des phases de risque et d'autres méthodes paramétriques (exponentielle, Weibull), semi-paramétriques (Cox) ou non-paramétriques (Kaplan-Meier) ; survie comparée à une cohorte appariée pour l’âge, le sexe et la race utilisant des tables de statistiques de survie gouvernementales ; modèles de régression avec “bootstrapping” et “multinomial logit model”. L'étude a démontrée que la survie s'est améliorée sur 25 ans en lien avec des changements dans les techniques chirurgicales et d’imagerie diagnostique. Le second manuscrit est axé sur les résultats des pontages coronariens isolés chez des patients ayant des antécédents d'intervention coronarienne percutanée. Les analyses statistiques utilisées comprennent : modèles de régression avec “propensity score” ; algorithme complexe d'appariement (1:3) ; analyses statistiques appropriées pour les groupes appariés (différences standardisées, “generalized estimating equations”, modèle de Cox stratifié). L'étude a démontrée que l’intervention coronarienne percutanée subie 14 jours ou plus avant la chirurgie de pontages coronariens n'est pas associée à des résultats négatifs à court ou long terme. Le troisième manuscrit évalue les conséquences financières et les changements démographiques survenant pour un centre hospitalier universitaire suite à la mise en place d'un programme de chirurgie cardiaque satellite. Les analyses statistiques utilisées comprennent : modèles de régression multivariée “two-way” ANOVA (logistique, linéaire ou ordinale) ; “propensity score” ; analyses de coûts avec modèles paramétriques Log-Normal. Des modèles d’analyse de « survie » ont également été explorés, utilisant les «coûts» au lieu du « temps » comme variable dépendante, et ont menés à des conclusions similaires. L'étude a démontrée que, après la mise en place du programme satellite, moins de patients de faible complexité étaient référés de la région du programme satellite au centre hospitalier universitaire, avec une augmentation de la charge de travail infirmier et des coûts.